七年制临床医学专业(康复医学专业方向)，前五年是临床医学专业教学阶段，后两年是学位培养阶段。学位培养阶段是实现七年制学生培养目标的重要阶段，此阶段的培养主要以二级学科为主，密切结合实际进行二级学科专业理论知识学习、系统的临床康复能力训练以及专业外语的学习，同时完成学位论文及答辩。
二级学科培养阶段是实现七年制培养目标、达到康复医学与理疗学硕士专业学位培养要求的关键阶段。在重视临床康复能力、科研能力、专业外语水平等培养的同时，尤其要重视学生的思想品德、职业道德、学术道德等综合素质的培养。
科研训练贯穿整个二级学科培养过程。在保证完成临床轮转的基础上，通过导师指导及参加专业学术活动，进行科研能力的训练和培养。